Kazdağlarının Ege ve marmara bölgelerinin sınırlarını

oluşturması nedeniyle iki farklı iklim etkisinde kalması, Avrupa – Sibirya, Akdeniz ve İran - Turan bitki bölgelerinin kesiştiği noktada bulunması nedeniyle bu bölgeleri temsil eden bitki türlerinin burada bulunması, Güney yamaçlarının deniz seviyesinden birden 1700 metrelere yükselmesi, bu alanların dereler ve çaylar tarafından derin vadiler şeklinde yarılması  biyo çeşitliliği artırmaktadır.

Kazdağı milli parkında bilim adamlarınca bugüne kadar 101 familyaya ait 800 cıvarında bitki taksonu tespit edilmiştir. Bu türlerin 77 adedi yalnızca Türkiyede bulunmaktadır. Bunların 29 tanesi de Dünyada sadece kazdağı milli parkında bulunan endemiklerdir.

Kazdağlarının güney yamaçlarında denizden itibaren 200 metrelere kadar zeytin ağaçları, yaklaşık 800 metrelere kadar kızıl çamlar (Pinus brutia Ten), yaklaşık 1500 metrelere kadar karaçam (Pinus nigra ssp. Pallasiana), Kazdağının endemiklerinden olan Kazdağı göknarı (Abies nordmanniana ssp. Equi-trojani) hemen daima dağın kuzey yamaçlarında 1000 – 1400 metrelere kadar kayın ve karaçamlarla aynı yetişme ortamını paylaşmaktadır. Geniş yapraklı ağaçlardan Kayın (Fagus Orientalis) yaklaşık 600 – 1400 metreler arasında, Kestane (Castanea sativa Miller) yaklaşık 600 – 900 metreler arasında, Gürgen (Carpinus betulus) yaklaşık 350 -700 metreler arasında, Meşe (Quercus) yaklaşık   300 – 1000 metre arasında yayılım göstermektedirler. 1550 metreden sonra yastık formunda bitkiler görülmektedir. Endemik bitkilerin büyük bir kısmı buralarda bulunmaktadır.